Zbliża się koniec XXVI wieku. Ziemia odbudowuje się po katastrofalnej eksplozji, która wieki temu zgładziła większość populacji i spowodowała, że większość powierzchni nie nadaje się do zamieszkania z powodu nieprzyjaznych ludziom warunków pogodowych. Ludzie, którzy przeżyli, zorganizowali sie wokół czterech radykalnie różnych ideologii, by odbudować świat według własnego uznania: Harmonia, Dominacja, Postęp i Zbawienie, zwanych Ścieżkami. Zwolennicy czterech Ścieżek żyją obok siebie w kruchym pokoju, ale w niemal całkowitej izolacji. Ich jedynym miejscem spotkań jest ostatnie duże miasto na Ziemi, obecnie znane jako Stolica.

Poprzez uruchomienie tajemniczych Czasowych Szczelin, które otworzyły się w wyniku kataklizmu, każda Ścieżka jest w stanie dotrzeć do konkretnych momentów z przeszłości. Może to znacznie przyspieszyć ich postęp, ale zbyt wiele ingerencji może zagrozić kontinuum czasoprzestrzeni. Postęp jest jednak ważniejszy niż kiedykolwiek wcześniej: jeśli wierzyć tajemniczej wiadomości przybyłej przez Szczelinę czasu, na horyzoncie pojawia się jeszcze straszniejszy kataklizm: asteroida niosąca tajemniczą substancję zwaną Neutronium zmierza w kierunku Ziemi. Jeszcze dziwniejsze, naukowcy twierdzą, że sygnatura energetyczna asteroidu jest podobna tej z eksplozji sprzed wieków...

Anachrony posiada unikalny dwupoziomowy system rozmieszczania pracowników. Aby podróżować do Stolicy lub wyruszyć na zdewastowane obszary w poszukiwaniu zasobów, gracze potrzebują nie tylko różnych specjalistów (inżynierów, naukowców, administratorów i geniuszy), ale także egzoszkieletów, aby ich chronić i ulepszać — a obu tych elementów brakuje.